W interesie każdego posiadacza klimatyzacji jest dbanie o czystość kanałów i urządzeń, ponieważ przez nie właśnie przepływa powietrze, którym się oddycha. Skutkiem nienależytego dbania o klimatyzację są zanieczyszczenia filtra, co powoduje zmniejszenie wydolności pracy i większe zużycie energii. Następuje oblodzenie się klimatyzatora, w filtrach osadzają się bakterie i drobnoustroje, a w skrajnych przypadkach nie można uzyskać żądanej temperatury. W nieczyszczone filtry sprzyjają rozwojowi grzybów i pleśni, które później są rozprzestrzeniane wraz z uzdatnionym powietrzem. Bardzo niebezpieczna jest bakteria Legionella, która powoduje schorzenie płuc. Do zwykłych czynności zabezpieczających czystość klimatyzacji należą przeczyszczenie wlotów i wylotów powietrza miękką, suchą tkaniną. W przypadku trudnych zabrudzeń można użyć letniej wody lub łagodnego środka czyszczącego, którego odczyn jest obojętny. Nigdy nie używajmy ostrych, żrących środków. Zawsze należy się stosować do wskazań producenta. Istnieją jednak modele, które same informują o konieczności oczyszczenia. Jeżeli czyszczenie nie przynosi efektów, wtedy potrzebna jest wymiana filtra przez serwis. Rozporządzenie Ministra Infrastruktury w sprawie warunków technicznych, jakimi powinny odpowiadać budynki i ich usytuowanie w paragrafie 153, ustęp 6, oznajmia że ”przewody powinny być wyposażone w otwory rewizyjne umożliwiające oczyszczenie wnętrza tych przewodów”, dlatego też raz na jakiś czas powinno się oczyścić gruntownie całą instalację, szczególnie przewody, czym zajmują się wyspecjalizowane firmy, które przeprowadzają również inspekcję przewodów.